IBM и ETH Zuric используют технологию облачных вычислений для борьбы с все более лекарственно-устойчивыми бактериями

По данным Всемирной организации здравоохранения, число устойчивых к антибактериальным препаратам патогенных микроорганизмов резко возрастает, препятствуя лечению туберкулеза, малярии и других распространенных сегодня заболеваний, вызванных разнообразными бактериями. Исследование бактериальных белков приобретает все большую важность, поскольку понимание сложной структуры составных элементов бактерий может играть ключевую роль в установлении рисков и определении лекарственных веществ, которые могут бороться с устойчивыми бактериями.

Применяя платформу SmartCloud Enterprise от IBM и решение для управления очередями и данными от CloudBroker, исследователи из Института молекулярной биологии (Institute of Molecular Systems Biology) при ETH Zurich смогли установить около 250 потенциальных факторов вирулентности – или молекул, выделяемых бактериями, вирусами, грибками, плесенью или простейшими микроорганизмами и, затем, размножающихся в организме человека – и создать около 2,3 млн. трехмерных моделей с помощью почти 30 тыс. пакетов данных для изучения функций этих опасных возбудителей болезней.

Используя IBM Smart Cloud Enterprise, команда ученых получила доступ к почти 250 тыс. машинным часам вычислительной работы, обеспечиваемой, в целом, 1000 параллельными процессорами для проведения исследований структуры специфических белков, обнаруженных в бактерии стрептококка, которая обычно вызывает у людей острый фарингит (стрептококковое воспаление горла).

Программное обеспечение с открытым исходным кодом под названием Rosetta, которое позволяет прогнозировать и проектировать белковые структуры, механизмы сворачивания белков и «белок-белковые» взаимодействия, было также развернуто в среде облачных вычислений. Благодаря применению этих разнообразных технологий, предоставленных IBM и CloudBroker, исследователи смогли проанализировать огромный массив данных в течение двух недель. Без использования технологий IBM для облачных вычислений, эта работа заняла бы несколько месяцев.

«Для проведения наших экспериментов нам нужна очень высокая вычислительная мощность в короткие периоды времени, — пояснил доктор Ларс Мальмстрем (Lars Malmstrom), ведущий исследователь из ETH Zurich. — Технология облачных вычислений позволяет зарезервировать эту вычислительную мощность всякий раз, когда исследователи в ней нуждается, и она будет доступна очень быстро. Командам ученых нет необходимости устанавливать или обслуживать соответствующие вычислительные системы и, поэтому, они могут сосредоточиться на своих исследованиях».