Для более объективной и беспристрастной оценки молодых компаний у премии существует несколько номинаций: 

• Лучший инновационный стартап – стартап, построивший бизнес на основе наиболее перспективной технологии.
• Открытие года/ Быстрый старт – компания, основанная в 2012 году, и показавшая самая стремительное развитие и рост.
• Социально-значимый стартап – компания, чей бизнес направлен на решение социально значимых проблем.
• Глобальный стартап – стартап,  работающий на рынках за пределами России.
• Команда года – лучшая команда стартап-рынка 2012. Номинация вручается при поддержке PRUFFI.  

Первый этап – выдвижение. Стартапам, которые хотят участвовать в конкурсе, необходимо оценить свой проект по критериям отбора, после чего оформить заявку на наиболее подходящую номинацию. Прием заявок осуществляется до 31 октября включительно.

Второй этап – отбор. В каждом направлении будет отобрано по 3 наиболее перспективных проекта. Процесс отбора будет осуществляется настоящими профессионалами своего дела. В жюри войдут представители инвестиционных компаний и венчурных фондов, авторитетные менеджеры крупных компаний, частные инвесторы, и успешные бизнесмены. 2 ноября будут опубликованы списки соискателей премии.

Список стартапов, прошедших на заключительный этап отбора будет опубликован на сайте Бизнес-Инкубатора НИУ ВШЭ и на сайте премии 19 ноября.

Третий, кульминационный этап – награждение. 4 декабря в Digital October пройдет торжественная церемония вручения, на которой станут известны имена лауреатов Премии «Стартап года» 2012.  Они получат все внимание прессы, жюри, инвесторов и потенциальных клиентов, специальные призы от спонсоров и партнеров, а также заветное Золотое Яблоко – символ Премии.

Всем финалистам на церемонии не стоит расслабляться, так как им придется побороться еще и за приз симпатий зала. Народным голосованием  в течение мероприятия будет выбран победитель  в номинации «Лучший стартап по мнению зрителей».